江孜战役以后，7月14日英军又向拉萨进发。这时西藏抗英斗争的形势发生了变化，有领导有组织的武装抵抗已接近尾声，西藏地方政府中的妥协投降派的势力抬头，噶厦政府在他们的压力下，向西藏军民发出了停止抵抗的命令，并派出噶伦等僧俗官员为谈判代表，要求与英军在途中谈判，劝阻英军不要进入拉萨。但是这时的莱赫鹏，完全撕下他是来与驻藏大臣和西藏的代表谈判通商和边界问题的“和平使节”的伪装，根本不理睬西藏方面发出的和谈的呼吁，一心要打到拉萨。7月31日，英军在曲水渡过雅鲁藏布江，在这紧急关头，十三世达赖喇嘛带领少数随从逃离拉萨，翻越唐古拉山，经柴达木盆地和安西，前往外蒙古。达赖喇嘛行前任命甘丹赤巴洛桑坚赞为代理摄政，由噶伦和三大寺代表等辅助，办理政务。8月3日，英军占领了拉萨。清朝在十三世达赖喇嘛离开拉萨后，按照驻藏大臣有泰的奏请，宣布将达赖喇嘛的名号“暂行革去”。
英国侵略军侵入拉萨城
在英军打进拉萨的问题上，荣赫鹏、英印总督寇松等人和英国政府之间存在着一些分歧。寇松最早提出改变西藏是中国的一部分的地位、把西藏变为英国控制下的中英和英俄之间的“缓冲国”的计划，实际上是要使西藏成为英印北上的英国前进基地，宣称“一旦我们得以进入西藏，并获得使俄国的势力陷于困境的影响，我们就能扭转给印度带来危险的政治局面，就能使我们处于一个可以利用难队跨越的羌塘高原作为我们和俄国未来可能的疆界之间的壁障的地位，就可能阻止俄、法势力穿越亚洲结合的可能性。而另一方面，我们将处于一个支持我们进取四川和连接我们（在中国的）东西方势力的地位。”出于这种保证英国在印度的殖民统治、与俄国争霸、进一步侵略中国的目的，寇松和莱赫鹏主张采取一切可能的卑鄙手段对中国的西藏地方发动武装侵略。而英国政府在欧洲正面对德国的威胁，需要争取俄国加入反德的同盟，又考虑与沙皇俄国在亚洲划分势力范围的关系，顾忌俄国和法国的反对，同时顾虑西藏人民的抵抗会使英军在西藏高原难以脱身，因此一开始对寇松和荣赫鹏的计划并不积极支持。寇松和荣赫鹏玩弄阴谋，一开始只要求英国内阁同意派兵到边境压迫西藏地方与之谈判，然后破坏谈判，要求英国政府批准他们打到江孜进行谈判，打到江孜后又趁俄国和日本在中国东北发生战争俄国眼看就要失败的时机，促使英国政府同意他们打到拉萨。英国政府批准了进军到拉萨的计划，但是仍然认为这是极其冒险的行动，西藏人民并未屈服，大雪封山截断交通线，英军在拉萨就有被困死的可能，因此规定英军必须在9月内退回。当然，在亚洲进行侵略扩张这一总的方针上，英国内阁和寇松、荣赫鹏等人是一致的，他们的分歧只是具体做法上的分歧，因此寇松和荣赫鹏的计划总是能够得到英国内阁的“不那么情愿的”的批准。
英军侮辱中国藏军被俘从员（此照片为英人所摄）
荣赫鹏带兵到拉萨后，确实是处在险境之中。拉萨东面仍有数千藏军活动，拉萨近郊的色拉寺、哲蚌寺的僧众还有武装，拉萨市民不卖粮食和货物给英军，甚至有僧人只身闯入英军驻地，刺杀英军军官。达赖喇嘛出走，又使莱赫鹏没有了谈判的对手，于是荣赫鹏只好去找驻藏大臣有泰，经过有泰的配合和尼泊尔在拉萨的代表的活动，才能够和以代理摄政洛桑坚赞为首的西藏地方政府的代表进行谈判。1904年9月7日，荣赫鹏和洛桑坚赞等人在布达拉宫签署了一份荣赫鹏事先炮制好的共有十条的《拉萨条约》，其主要内容是：一、除了已开的亚东商埠外，增开江孜、噶大克为商埠，英国在这两地享有同样特权。二、分期付给英国军事赔款五十万英镑（后来新任英印总督俺土尔将赔款减为17万英镑，合250万印度卢比）。三、边界至江孜、拉萨通道上的炮台要塞一律削平。四、西藏答应，非经英国政府同意，不得将土地让卖租借于其他国家，西藏事务不得让其他国家干预，铁路、道路、电线、矿产等项权利不许其他国家享受。在签订《拉萨条约》的过程中，驻藏大臣有泰执行清朝政府对外屈膝投降的方针，昏庸误国，帮助莱赫鹏压服西藏官员签约。荣赫鹏本来要求有泰也在条约上签字，有泰也准备答应，被手下官员劝阻而没有签字，他只是和荣赫鹏交换了一个照会，双方说明条约中所说的非经英国同意不得在西藏享有权利的“任何外国”，不包括中国在内，中国商民仍可以到江孜、亚东、噶大克商埠经商贸易。清朝外务部在看到《拉萨条约》的草约后，也立即指示有泰不得画押，并向英方声明，所有条款应由清朝和英国商议后，才能审核，还决定西藏答应的赔款，由清朝政府支付。俄国和法国也对《拉萨条约》提出反对意见。
西藏是中国领土的一部分，有关西藏的国际条约，不经过当时中国的中央政府清朝的同意和签署，自然是不合祛和无效的。莱赫鹏在英军于9月23日撤出拉萨时，还企图引诱有泰和英军一起到亚东去，在那里当面画押，有泰因为已接到清朝的指示，没有同意。1904年底英国内阁更迭，新内阁迫切需要争取俄国一起反对德国，也只得同意和清朝商议修改。1905年1月，清朝派外务部右侍郎唐绍仪、参赞张荫棠等，在印度的加尔各答和英方专使费夏利等谈判改约。寇松虽然不当英印总督，仍在会外策划操纵英方代表，在会上提出中国对西藏只有“宗主权”，并想将此写人条约，自然遭到清朝代表的坚决反对，谈判陷入僵局。英国还开始采用另一个更为阴险狡猾的政策，力图利用西藏地方统治集团和清朝的一些矛盾，在西藏上层集团内部收买和培植代理人。它在这时利用其皇太子访印的机会，用威胁利诱的办法，邀请九世班禅到印度会见皇太子，企图拉拢班禅代替出走的达赖喇嘛，与英方合作。由于张荫棠等官员在印度对九世班禅争取教育，当英方要九世班禅向英国皇太子跪拜时，九世班禅向英方申明“我只在（清朝）大皇帝前跪拜，其余不行”，使英国的计划没有成功。1906年中英在北京重开谈判，并在4月27日签署《中英续订藏印条约》，其第二款规定“英国国家应允不占并藏境及不干涉西藏一切政治，中国国家亦应允不准其他外国干涉藏境及其一切政治”。把《拉萨条约》作为附约列于其后。这个《北京条约》虽然没有按中国代表的主张明文写上中国对西藏的主权的字样，但是排除了《拉萨条约》将中国暗列为“外国”的含义，明确英国对西藏来说属于外国，中国担负起不准他国干涉西藏的责任，这表明英国政府在各方的压力下，也不得不在事实上确认中国对西藏的主权，西藏地方的外交事务必须通过中国中央政府。接着，1907年8月英国和俄国达成了关于波斯、阿富汗、中国西藏的三个协议。按照协议，英俄在保留他们在西藏的“特殊利益”的同时，双方承诺“只通过中国政府同西藏进行交往”，从而把西藏作为一个中国管辖下的英俄势力范围的隔离地带。英国在没有中国参加的情况下，说服俄国将中国对西藏只有“宗主权”的提法写进他们的协议，说明英国对西藏的侵略计划并没有停止，只是变换了一下方式，准备在新的形势下继续推行。
经过英国两次侵略西藏的战争，朝野上下对清朝政府的妥协退让的方针和驻藏大臣在战争中的表现强烈不满，纷纷提出责问，清朝政府也看到了西藏在列强争夺下问题的严重性，为了巩固在西藏的统治，保住西南的屏障，1906年4月，清朝派遣张荫棠以驻藏帮办大臣的身份入藏“查办藏事”，他是清代上百个驻藏大臣中惟一的一个汉族出身的人。他到拉萨后，经过调查了解，向清朝政府参劾了驻藏大臣有泰等十几个在藏满汉官员昏庸误国、贪污腐化，在西藏人民抗英斗争中“坐误事机”的罪责。清朝政府下令将有泰等人革职查办。还参奏噶伦平措旺丹勒索百姓，贪赃枉法，平措旺丹也被撤职查办。这使西藏僧俗上下民气大振。西藏各界人民交口称赞张荫棠为西藏清除时弊，严肃法纪，惩办贪官的勇气和行动。张荫棠还根据西藏当时外有强敌侵略，内部民生凋敝的情况，决心实行政治经济改革措施，训练军队，变法图强。1907年1月，他向清朝外务部提出治藏大纲二十四款，得到清朝政府的采纳，作为革新西藏政务的基础。他命令噶厦政府设立了交涉、巡警、督练（练兵）、盐茶（种茶、运茶、收盐税）、财政（设银行、铸新币）、工商、路矿（修路、开矿）、学务（开设学校）、农务（开垦土地、改良畜种）等九个局，作为推行新政的常设机构。他编写了《训俗浅言》和《藏俗改良》两本小册子，译成藏文散发各地。他还到大昭寺去对僧俗大众讲解英国对西藏的侵略和推行新政变法图强的重要性。他的这些主张和措施虽然由于清朝的腐败和西藏保守势力的阻挠反对，大部分没有能够实行，有的内容还脱离西藏实际，有一些有消极作用，但是这些主张给西藏人民带来了新的希望，在僧俗大众中留下了深刻的影响，受到西藏人民的赞扬。后来，张荫棠的积极整顿藏政受到继任的驻藏大臣联豫的猜忌，清朝政府也认为他的言行偏激不合时宜，1907年5月调他到印度西姆拉去和英国代表商谈江孜开埠的事宜，张荫棠在西藏推行新政的任务改由联豫来执行。联豫首先奏请撤销驻藏帮办大臣，在驻藏大臣之下设左右参赞各一人作为辅助，将权力集中于驻藏大臣。
十三世达赖喇嘛出走到外蒙古，本来是受他身边的布利亚特蒙古僧人德尔智等人的鼓动，想取得俄国的帮助继续抗英。但此时俄国刚被日本打败，无力提供实质的援助，这使十三世达赖喇嘛仍然寄希望于清朝。1906年，在清朝的要求下，他从库仑启程返藏，走到青海塔尔寺时，由于清朝在西藏推行新政和在四川藏区实行改土归流，就在塔尔寺暂住。1907年11月，清朝批准达赖喇嘛进京朝觐的要求，他就经兰州、西安，于1908年1月到五台山朝礼，等候进京。这时俄国、美国驻北京的使节和日本、德国的外交人员接连到五台山拜会达赖喇嘛，英国驻北京的公使也通过中间人和达赖喇嘛取得了连系。9月底，十三世达赖喇嘛从五台山到北京，慈禧太后和光绪皇帝几次接见和宴请他，赐给金册金印，恢复了他的达赖喇嘛的名号，加封他为“诚顺赞化西天大善自在佛”，但是清朝没有批准达赖喇嘛不经过驻藏大臣直接向皇帝上奏的请求，又使他深感不满。在这期间，英国公使专门拜会了达赖喇嘛，还派了熟悉西藏情况的驻江孜商务专员鄂康诺带着锡金王子到北京，参加英国公使和达赖喇嘛的会见，对达赖喇嘛竭力拉拢，而达赖喇嘛对英国的态度也有了重要的改变，想与英国改善关系。紧接着慈禧太后和光绪皇帝去世，十三世达赖喇嘛即于1908年底离京返藏。
清朝在康区实行改土归流并派遣川军人藏，威胁到西藏僧俗上层的政治和经济利益，引起清朝和达赖喇嘛为首的西藏部分僧俗上层的矛盾，这促使十三世达赖喇嘛从坚决抗英转变到依靠英国的支持来保住自己的统治权力和利益。还在返藏的途中，他就命令伦钦夏扎班觉多吉调集藏军和民兵阻击川军进藏，并请英国公使出面压迫清朝停止川军人藏。1909年11月，十三世达赖喇嘛回到拉萨，首先正式任命亲英派贵族夏扎班觉多吉等三人为伦钦，执掌大权。1910年2月，由钟颖率领的川军到达拉萨，随即与藏军发生零星冲突，这使本来就与驻藏大臣联豫关系紧张的十三世达赖喇嘛坐卧不安，立即命令策墨林活佛为摄政，留守拉萨，自己带领伦钦夏扎等少数官员逃走。联豫派兵追赶，在曲水遭藏军阻击，没有追上。2月底，十三世达赖喇嘛经亚东到达印度大吉岭。清朝根据驻藏大臣联豫的奏请，再次革去十三世达赖喇嘛的名号，而英国则对他热情接待，安排他游览印度各地，在大吉岭为他提供住房和生活用品。让达赖喇嘛在大吉岭设立噶厦，和拉萨的西藏地方政府官员保持联系，遥控西藏的事态发展。英国虽然表面上宣称不干涉西藏事务，保持中立，实际上却加紧利用十三世达赖喇嘛逃到印度的形势，为进一步侵略西藏做准备。