1911年10月10日，辛亥革命爆发，清朝被推翻，结束了在中国实行了两千多年的帝制，建立了中华民国。1912年1月1日，孙中山在南京就任中华民国临时大总统，在就职宣言中强调“国家之本，在于人民，合汉、满、蒙、回、藏诸地为一国，则合汉、满、蒙、回、藏诸族为一人，是曰民族之统一”。3月，孙中山主持制定并公布了具有临时宪法性质的《中华民国临时约法》，其中明文规定：“中华民国领土，为二十二行省、内外蒙古、西藏、青海。”而且还规定民国政府的参议院的议员，西藏也与各省、内外蒙古一样，选派五名代表参加，代表选派方法由地方自定。4月，袁世凯就任大总统，在总统令中宣布“凡蒙藏回疆各地方，同为我中华民国领土，则蒙藏回疆各民族即同为我中华民国国民”，并在北京的民国中央政府中设立蒙藏事务局。这以后中华民国的宪法中一直明确记载着西藏是中国领土，西藏是中国的一部分。10月，十三世达赖喇嘛从印度写信给蒙藏事务局总裁贡桑诺尔布，说“意欲维持佛教，请转呈妥商”，袁世凯即下令恢复他的达赖喇嘛名号，复封为“诚顺赞化西天大善自在佛”，并派人前往印度册封，因英印阻拦而未果。
英帝国主义者在辛亥革命发生后立即利用西藏的混乱形势，进行挑拨离间；英印总督明托赶到大吉岭和达赖喇嘛商谈，向达赖喇嘛提供武器和经费，并提出由达赖喇嘛派其亲信达桑占东等人返回西藏，迅速组织起上万民兵，围攻在拉萨、日喀则、江孜等地的川军，同时下令全藏僧俗，不准与汉人新政府来往，断绝给川军和汉人官员的粮草供应。1912年夏天四川和云南两省曾发兵援救在藏川军，已经打到江达地方，由于英国出面干涉，向袁世凯施加压力，袁世凯命令四川、云南停止进兵。在藏的川军在辛亥革命后内部已经分为几派，争斗不止，加上孤立无援，逐步陷入弹尽粮绝的绝境。后来，由尼泊尔驻拉萨的代表出面作调解人，钟颖等人和达赖喇嘛派来的伦钦强钦巴谈判达成停火办法，川军将枪支弹药交出，由尼泊尔和英国的官员负责安全，从江孜、亚东经印度由海路返回内地。到1912年12月底，联豫、钟颖等官员和在藏的川军等全部离开了西藏。十三世达赖喇嘛在1912年12月中旬回到拉萨，立即惩办在战斗中支持过驻藏大臣和川军的第穆活佛的丹吉林寺的僧人，还有一些哲蚌寺的僧人和贵族也因支持过川军受到惩罚。他还提升在反对川军战斗中有功的人员，把达桑占东封为扎萨，继承被杀的亲汉派擦绒噶他的贵族地位。他又召集西藏地方头人代表开会，征求对西藏今后应采取的方针的意见，结果仍有很多人特别是下层的僧俗群众不赞成西藏地方与中央政府断绝联系。加上四川云南派出的军队就在工市江达以东地区，这又使达赖喇嘛受到种种制约，在与中央的关系上处在徘徊犹豫的状态中，不敢下决心去实行完全脱离中国的“西藏独立”。
英国自然不愿意看到它极力推动的“西藏独立”停顿下来，又以阻挠中央政府和西藏地方的直接接触和不承认民国政府、不提供贷款等手段对中国政府施加压力，策划召开“三方谈判”。在民国政府同意出席会议后，英国即在1913年夏天派其驻锡金专员柏尔先行进藏，与西藏所派的代表他钦夏扎会商达三个月之久，要夏扎尽量收集“材料”，准备对付中央代表的办法。即使是这样，英国还是担心西藏的代表在见到中央代表后会产生动摇，又设法限制西藏代表在印度时的活动，不让他们与中央代表有任何接触，以便他们从中操纵，谋取私利。1913年10月13日所谓的中英藏三方会议在印度的西姆拉召开，会议一开始，英国就唆使伦钦夏扎提出“西藏独立，西藏不能承认1906年的中英条约”、“西藏的范围包括昆仑山与安定塔以南的新疆部分，青海全部，甘肃与四川的西部、打箭炉及云南西北部的阿墩子”、“华官华兵不准入藏，华商入藏须领有西藏政府发给之护照”等无理要求。在中央代表据理驳斥并提出“订明西藏为中国领土完全之一部分”、“中国可派驻藏长官驻拉萨”等条件后，英国代表麦克马洪和顾问柏尔竟然以支持和帮助西藏反对中国、取得“独立”为诱饵，哄骗和逼迫伦钦夏扎进行私下交易，在麦克马洪所划的印度和西藏分界的地图上画押，制造了所谓的麦克马洪线，将一直属于中国西藏管辖的九万多平方公里的土地划给英属印度。这笔肮脏的交易英国方面多年不敢公开，几十年后才悄悄塞进英国出版的地图中，而伦钦夏扎也不敢正式报告十三世达赖喇嘛，西藏方面也没有批准过这一非法的领土交易。在玩弄了这一套阴谋之后，英国代表又以调解人的面目出现，在会议上提出了一个所谓的“折中方案”，把整个藏族地区划分为内、外藏，外藏包括阿里、卫藏和大部分康区，其余藏区为内藏，中国在内藏享有若干主权，外藏实行自治，中国只有名义上的“宗主权”。在英国代表的恫吓、威胁下，1914年4月，中国代表陈贻范在说明只是草签需中国政府批准才能正式签字后，在草约上划了押；但是全国各界民众强烈反对这一草约，袁世凯政府也不敢批准这一条约，中国代表没有在条约的正式文本上签字，并声明中国绝不承认这一条约。拖到当年7月时因第一次世界大战在欧洲爆发，英国无力东顾，西姆拉会议宣布无限期休会，英帝国主义的阴谋以破产告终。由于这一原因，所谓的西姆拉条约虽然有英国和西藏代表的签字，但是没有任何法律效力。就是英国政府也没有正式公布过这一条约，只是到20多年以后，1938年才在英印政府的“外务大臣”编纂的一本英印政府的条约集中将“西姆拉条约”悄悄塞进去，而“麦克马洪线”的地图也仍然不敢收入，直到1960年才由印度在地图册中收入，可见英印政府本身对这个非法的条约和地图也是理亏心虚的。
英国的侵略阴谋在西姆拉会议上遭到失败后，英国又唆使西藏地方当局扩充军备，向西藏提供新式武器装备，并在江孜设立军官训练学校，帮助藏军培训军官。在英帝国主义分子和西藏上层分裂势力的操纵下，在抗英战争中曾英勇反抗英国侵略的藏军蜕变为英帝国主义和分裂势力服务的武装。1917年和1920年、1922年，藏军几次向驻守康区的川军发动大规模进攻，占领了康区大部分地区，直到金沙江以东的德格、甘孜等地。1931年藏军又向青海玉树地区发动进攻，被青海军队打败，四川军队也发动反攻，藏军退回到金沙江以西，1932年双方签订停战协议，以金沙江为界停战，等候中央与西藏当局谈判解决。西藏分裂势力在英帝国主义支持下发动的连年战争，虽然将其占领区向东推进了几百公里，却给西藏人民带来了沉重的负担，西藏当局新增差税，征兵征粮，使得人民生活日益贫困。1920年帝国主义分子柏尔到拉萨，鼓动十三世达赖喇嘛把藏军扩充到15000人，并成立警察局，聘请英国教官训练警察，这些加重人民负担的措施激起僧俗大众的强烈不满，当时盛传三大寺僧人要打死英国人柏尔，达赖喇嘛派兵镇压，引起藏军和哲蚌寺的冲突，柏尔不得不离开拉萨。1923年因为增派差税问题，噶厦和扎什伦布寺方面发生矛盾，格鲁派的重要领袖九世班禅被迫逃离西藏，经青海、甘肃到北京，这些都充分说明分裂势力以武力实行“西藏独立”的战争，在西藏也不得人心。
九世班禅额尔德尼⋅曲结尼玛像
九世班禅填南京与国民政府官员戴传贤会见会合影
九世班禅在内地讲经说法
尽管英国利用辛亥革命后西藏的混乱局势用尽一切手段策动“西藏独立”，历史形成的西藏和祖国的血肉联系谁也无法割断。1919年甘肃省按中央指示派专员朱绣等入藏会见十三世达赖喇嘛，达赖喇嘛表示“余亲英非出本心，因钦差逼迫过甚，不得已而为之，此次贵代表等来藏，余甚感激，惟望大总统从速特派全权代表，解决悬案。余誓倾心内向，同谋五族幸福。至西姆拉会议草案，亦可修改”。1921年他又派亲信堪布贡觉仲尼等人到北京雍和宫任职。1929年国民党在南京建立国民政府，九世班禅在南京设立了办事处。十三世达赖喇嘛即派贡觉仲尼等到南京，将达赖喇嘛的信交给国民政府，表示希望恢复与中央的联系。国民政府派贡觉仲尼带蒋介石的亲笔信进藏，并就西藏和中央的关系问题征询达赖喇嘛的意见。1930年贡觉仲尼带着十三世达赖喇嘛的复信返回南京，达赖喇嘛加派贡觉仲尼为西藏驻京总代表，1931年设立了达赖喇嘛驻京办事处，成为西藏地方与中央联系的正式机构。当年，国民政府在南京召开国民会议，制定训政时期约法，邀请西藏派代表参加会议。在代表名额问题上，达赖喇嘛和班禅大师双方又发生了争执，达赖喇嘛方面要求西藏代表全由达赖喇嘛派出，班禅方面要求平均分配，经蒙藏委员会调解，达赖喇嘛方面以贡觉仲尼等六人为代表，楚臣尼玛等三人为列席代表，班排方面以洛桑楚臣等四人为代表，邵章等五人为列席代表出席了会议。九世班禅也到南京参加了国民会议，还在南京新亚细亚学会第三次会员大会上作了题为《西藏是中国的领土》的重要演讲，不仅以历史事实肯定西藏是中国的领土，而且希望西藏地方早日恢复对中央的正常的隶属关系，中国境内的各民族团结起来，共同抵抗帝国主义的侵略。7月，国民政府册封九世班禅为“护国宣化广慧大师”，并颁给玉册玉印。1932年12月，国民政府邀请九世班禅再次到南京，正式任命他为”西陲宣化使”，商讨西藏事务和班禅返藏问题。1933年4月，九世班禅派安钦活佛等到拉萨会见达赖喇嘛，达赖喇嘛表示欢迎班禅返藏，并答应班禅返藏后将其原来的辖地交还，但是此事还未实行，十三世达赖喇嘛于1933年藏历10月30日在拉萨病逝。西藏地方政府按照历史惯例打电报向国民政府报告，并通知九世班禅。国民政府发布了追封十三世达赖喇嘛为“护国宏化普慈圆觉大师”的命令，并在南京举行追悼大会。九世班禅从内蒙古到南京参加了达赖喇嘛的追悼大会，并担任国民政府委员职务。接着九世班禅返回内蒙古，经阿拉善等地到青海塔尔寺，筹划返藏。
国民政府册封十三世达赖喇嘛的玉册
国民政府特派专使黄慕松赴藏致祭十三世达赖圆寂
就在十三世达赖喇嘛去世不久，西藏统治集团中即发生了变动，三大寺代表和僧俗官员会议罢免了擦绒达桑占东的噶伦职务、龙厦的藏军总司令的职务，逮捕了十三世达赖喇嘛的亲信贡培拉，使亲英势力受到了一次打击。会议还依照清代的制度，决定由热振活佛坚白益喜丹真坚赞（1910—1947）担任摄政，由十三世达赖喇嘛的亲属朗敦贡噶旺秋任司伦（总管政务的首席噶伦）。国民政府批准热振担任摄政，并派遣参谋本部次长黄慕松为专使经过康区到拉萨致祭十三世达赖喇嘛，并与西藏地方政府商谈双方恢复关系的事宜，他还代表国民政府授予热振活佛“辅国普化禅师”的名号。当黄慕松离藏时，取得西藏当局同意，留下部分随行人员在拉萨，以专使行署名义作为中央与西藏地方联络的机构。英国看到西藏地方和中央的关系有改善的趋势，惊恐不安，派人到拉萨要求在拉萨设立办事机关，也得到西藏当局的同意，噶厦还给英国办事处的职员饶农巴都（又名罗布顿珠，锡金人）以扎萨名义，使他可以参加各种庆典活动，监视噶厦和国民政府在拉萨的人员之间的往来。
国民政府封十三世达赖为“护国宣化普慈圆觉大师”的玉印
国民政府就认定青海儿童拉木登珠为十三世达赖转世灵童事发布命令