防“左”纠偏，边区土改保护爱国民主人士
1947年3月，蒋介石军队由于战线拉长，兵力不足，被迫将其全面进攻改为对山东和陕北两个解放区的重点进攻。为了粉碎国民党军对陕北的重点进攻，中共中央决定以陕甘宁和晋绥解放区的部队组成西北野战军，由彭德怀任司令员兼政治委员，习仲勋任副政委，担负主要作战任务。此后习仲勋协同彭德怀组织指挥了青化砭、羊马河、蟠龙镇等战役，并取得胜利。同年7月，马背上的中共中央在陕北靖边县小河村山麓的羊圈里召开扩大会议。习仲勋根据党中央小河会议决定，离开前线，回西北局主持工作。
习仲勋回到西北局之后，面临的一项重要任务就是贯彻全国土地会议精神和《中国土地法大纲》，并组织领导好陕甘宁边区土地改革。就在1947年的9月，中国共产党全国土地会议通过了《中国土地法大纲》，10月10日公布施行。为了传达贯彻全国土地会议精神，部署边区土地改革和整党工作，西北局决定召开一次边区干部会议。11月1日，会议在绥德县义合镇薛家渠对面的阳湾空地正式召开，时称义合会议。会议在检查以往工作的基础上，作出了彻底完成边区土改和认真进行整党的决议，研究了具体实施办法，并由林伯渠、贺龙、习仲勋联合签署发了布告。由于缺少经验，加上缺少深入细致的调查研究，在制定具体土改方案时，会议没有把边区里老区（约占三分之二）和新区（约占三分之一）的不同情况区分开来，也没有明确划清一般地主和恶霸地主的界限，更没有对中农、工商业和三三制等政策解释清楚，只是片面强调“依靠贫农”和“平分土地”。也由于康生、陈伯达在晋绥的土改试点中存在着严重的“左”倾，而全国土地会议中不仅未予纠正，反而又把反对右倾作为主要内容。因此在这种背景下，义合会议的与会者对于土改中“左”的倾向可能造成的恶果没有引起足够的重视。会议虽然也要求在经济上、政治上、思想上彻底消灭地主阶级，只留他一个肉体，并留一份生活，但还是强调“削削削，削尽土豪劣绅；杀杀杀，杀尽贪官污吏。”会议还点了安文钦、李鼎铭、霍子乐等人的名。虽然会议也强调不要乱杀人，可惜，这个精神到会代表没有带回去，而是把消灭地主宁“左”勿右这一套带了回去。义合会议暴露出来的“左”的倾向并没有引起大多数与会者的注意。在会上，习仲勋陷入沉思，作为“左”倾政策的受害者，他曾经在肃反中差一点被活埋。因此面对会议上的一些“左”的倾向，习仲勋更多的是沉默，对一些“左”的政策持保留态度。
由于义合会议在制订土改具体方针、划分阶级政策时，没有对老区、半老区的实际情况区别对待，在具体操作层面上也没有明确禁止使用肉刑、不得侵犯中农利益、保护工商业等，加上会后参加土改的工作团大多临时组建，本来就不够专业又没有经过集训，工作上急功近利，在应用政策和掌握分寸方面出现偏差失误。于是土地改革和整党工作中一些“左”的做法渐渐蔓延开来，在个别地方甚至发展到相当严重的程度，一时气氛极度紧张。乱斗、乱扣、乱打，乱没收财物，乱扫地出门的现象比较普遍。习仲勋对此忧心忡忡。当时边区参议会副议长、开明士绅安文钦也受到了冲击。被称为“陕西四老”之一的安文钦是晚清秀才，是边区一个很有威望的开明士绅。安文钦在边区热心公益事业，兴办学校，宣传新文化，抗战时期与八路军合作，支持抗战，曾当选为绥德县参议员、绥德警备区副参议长，陕甘宁边区第二、三届参议会副参议长。安文钦是拥护共产党领导的，也赞同土地改革，在土改中还主动向政府献出300垧（注：西北地区一垧合三亩或五亩）的土地，但土改中他的土地房产被没收分配，一家老小被“扫地出门”。这无疑严重地违反了边区的土改政策，也与党的统战政策背道而驰。习仲勋在了解情况后，严肃批评了这种错误做法，批示要按党的政策予以纠正。
1947年12月，中共中央扩大会议在米脂县杨家沟召开，习仲勋参会。会上，习仲勋根据自己的调查研究，向毛泽东如实地谈了自己对边区土改中存在的问题和形势发展的一些看法。会议期间，开明绅士、陕甘宁边区政府副主席李鼎铭在义合病逝。习仲勋由此想到了土改中有些地方违犯政策冲击爱国民主人士的问题，即与林伯渠向毛泽东建议，在为李鼎铭开追悼会时要请党外人士参加，并特别提到要请当时受到批斗的安文钦以边区参议会副议长身份致悼词，以安抚爱国民主人士的情绪，缓和、改善与他们的紧张关系。毛泽东当场表示赞成，指出下面做法过火了，伤及了开明士绅，要保护他们。后来在西北局、边区政府和习仲勋的过问下，绥德县归还了安文钦被没收的部分财物和房产。毛泽东也电示要保护安文钦等爱国民主人士，并通过林伯渠和习仲勋代他向安老先生赔礼道歉。安文钦非常高兴，对党和毛泽东的关怀表示感谢，又愉快地回到自己的住宅。第三天，在边区政府为李鼎铭举行的有七百多人参加的追悼会上，安排安文钦致了悼词。这事不仅使安文钦深受感动，也使各阶层人士深感满意，认为共产党讲信义，重交情。习仲勋的努力体现了党在执行统一战线政策中的一贯性和严肃性。对于党在各阶层人士中的威望和信誉，也有很大影响。
在会议结束后的第七天，习仲勋致信中央，就绥属各县土改中的问题，把自己的调查研究结果向中央作了实事求是的汇报，对土改中的有些过火的做法提出了批评并提出了改正建议。1948年1月19日，习仲勋就陕甘宁边区近期的工作特别是防止和克服土改中“左”的偏向问题再次致电毛泽东。在这份报告中，习仲勋列举了9个值得注意的问题，得到毛泽东的支持。同日，为了慎重对待党外人士，习仲勋与马明芳联名向各分区发出通知，指出：在土改过程中，对参加三三制的党外人士，应慎重处理，县以上非党人士的处理，务希由地委提出意见，经西北局批准。县以下小学教师中的非党人士，须经地委批准后，才能处理。在习仲勋的努力下，此后再没发生严重的伤害非党人士的事情。对爱国民主人士的统战工作取得了较好的效果，减少了土改的阻力，也增强了他们继续跟党合作的信心。
争取项谦，平息叛乱巩固民族团结
1945年，抗战取得胜利之后，中共中央决定加强西北局的工作。在全面衡量、考察、遴选西北局书记适任人选时，毛泽东提出西北局书记的人选既要有群众基础，又要熟悉西北情况。习仲勋无疑是最合适的人选。他出生、战斗在西北，又担任过陕甘边革命委员会主席等职务，加上习仲勋为人敦厚，深受群众爱戴，而且毛泽东对习仲勋的印象一直不错。1935年，中央红军长征抵达陕北根据地，毛泽东在几处破旧的村落墙壁和大树上看到了《陕甘边苏维埃政府布告》。布告虽经日晒雨淋，斑驳不清，但上面“主席习仲勋”的署名让毛泽东还是一下子就记住了“习仲勋”。见面之后，毛泽东更惊讶于这个“习主席”的年轻，习仲勋当时刚好22岁。10年之后的1945年10月，被誉为“模范边区的模范干部”的习仲勋被任命为中共中央西北局书记，这一次是毛泽东亲自点的将。毛泽东在说到西北局书记时，还特别赞扬习仲勋年轻，是“群众中走出来的领袖”。
习仲勋无论在西北局期间，还是后来奉调进京，都非常关心西北的形势。西北地区幅员辽阔，民族众多，有有汉、回、藏、维、蒙等十多个兄弟民族。解放前由于经济、政治和历史、宗教等各方面的原因，西北的形势比较复杂。新中国成立前后，在一些帝国主义国家和国民党特务的煽动支持下，青海、新疆的大小叛乱很多，土匪横行，殃及无辜，严重破坏和扰乱了西北的和平与稳定。习仲勋以敏锐的眼光，最早关注疆藏问题。在实地调查研究的基础上，习仲勋提出：一切工作都要在民族团结的基础上采取“稳进慎重”的方针进行。“争取各民族上层人士，争取宗教方面人士，然后去发动，不可颠倒过来。”这个解决民族问题的新思路为稳定西北开发西北创造了很好的条件。而争取青海昂拉部落第十二代千户项谦归顺中央政府，便是习仲勋的统战理论在西北地区解决民族问题的一次成功实践。
昂拉部落是藏族的一支，居住在一个叫尖扎滩的藏民农牧业区，实行“政教合一”的政治制度。昂拉千户本是吐蕃王朝赤热巴坚的后代，为了守卫边卡和征税，相传公元5世纪中叶赤热巴坚派贡叶西达杰到达这里，成为尖扎黄河两岸的头人。公元1657年清顺治皇帝封他的后代祖多杰为昂拉千户，世袭至第七代子孙项谦。尖扎滩北有黄河天险，东面和南面被高山环抱，西临黄河的松巴峡谷，是一处易守难攻的要隘。解放后，藏族人民对共产党和解放军还不了解，加上匪特造谣惑众，第十二代千户项谦在马步芳残匪和国民党特务的裹胁、挑唆下，公开与人民政府为敌，拒绝接受人民政府的领导，并组织反革命武装“反共救国军”第二军，发动叛乱。他们自以为身处要隘，人民政府和解放军奈他们不何，甚至把尖扎滩称为“小台湾”。项谦凭借手中的千余武装力量对已解放的邻县不断进行武装侵扰，甚至袭击人民解放军。我人民政府为了团结昂拉部落不明真相的广大农牧民，不断地说服、争取，耐心地等待他们幡然醒悟，但昂拉千户却执迷不悟。在他看来人民政府的耐心就是无能的表现。这位“末代千户”的倒行逆施激起广大人民的仇恨，许多同志失去耐心，主张军事手段彻底解决，以绝后患。针对许多同志急于军事进剿的情绪，习仲勋电告青海省委书记张仲良：“决不能打，万万不可擅自兴兵，只有在政治瓦解无效以后，才能考虑军事进剿。”
争取项谦归顺的工作，从1949年12月至1952年7月长达两年七个月之久。在此期间，项谦对投诚态度始终游移不定，反复无常，曾经几度归顺，但不久又反叛。在习仲勋的亲自领导下，中共青海省委统战部长周仁山、藏传佛教大师喜饶嘉措（后任中国佛教协会会长）、藏族部落头人、寺院活佛等50余人，多次深入虎穴，亲赴昂拉，先后与项谦和平谈判达17次之多。习仲勋多次指出：“必须坚持在充分军事准备基础上以政治争取为主的方针，十分慎重，首先是用和平方式解决。对于项谦必须采取反复争取，特别宽大政策。”习仲勋显然不是单纯考虑项谦个人的问题，而是从党的统一战线政策出发，团结包括藏族在内的各少数民族。在这一方针的指导下，解放军进剿部队纪律严明、秋毫无犯，十分尊重该地藏族人民风俗习惯，严格保护寺院，释放俘获的头目、官人，甚至给项谦卧病在床的母亲治好了病，对贫苦百姓救济、度荒、抚慰，以活生生的事实揭穿了反革命匪徒的造谣欺骗。项谦在我党民族统战政策的感召下，终于在1952年7月11日下午从南乎加该森林回归，向人民政府投诚，此后再也没有反叛。时任西北军政委员会副主席的习仲勋非常欣慰，亲自接见、宴请款待了这位回头是岸的“末代千户”，并委任他继续担任昂拉千户。项谦非常感激人民政府的挽救和宽大之恩。中共中央首任统战部长李维汉后来详细地向毛泽东汇报此事，毛泽东非常赞赏，把习仲勋比做诸葛亮。后来毛泽东见到习仲勋时还不忘开玩笑：“仲勋，你真厉害，诸葛亮七擒孟获，你比诸葛亮还厉害！”
1950年3月，蒋介石为了破坏新疆的稳定，委任新疆巨匪乌斯满为“新疆反共总司令”。乌斯满等武装匪徒到处煽风点火，纠集惯匪和散兵游勇，并以残酷屠杀等手段，胁迫牧民2万多人发动武装叛乱，叛乱迅速蔓延到天山南北。乌斯满匪帮在新、甘、青三省交界处抢劫杀人，煽动民族对立，破坏民族团结，严重危害西北的社会秩序，对各族人民生命财产安全威胁极大。与此同时，为了稳定西北的局势，中央和西北局鉴于新疆、西藏的实际情况，指示两地的土改工作暂缓，等条件成熟后再搞。但新疆区党委没有很好地执行中央和西北局的指示，反而擅自提前进行土改，并抓了一些当地少数民族及宗教界的重要人士，土匪和敌特趁机造谣污蔑，攻击我党的民族政策，制造分裂，一时局面混乱，并出现逃亡浪潮。乌斯满叛乱和一些“左”的政策、做法重叠在一起，使本来就非常复杂的问题变得更加复杂。1950年乌斯满叛乱集团的另一头目贾尼木汉被捕。在接到曾经主政新疆的张治中来信后，7月22日中共中央西北局领导彭德怀和习仲勋，联名致电新疆要求把贾尼木汉与乌斯满区别对待，要注意统战政策的运用，争取并利用贾尼木汉来瓦解乌斯满残部及稳定归顺的部落，真正孤立极端反动的乌斯满集团，同时尽量争取、挽救被诱骗和裹胁的群众。1952年7月，习仲勋奉毛泽东命令亲赴新疆解决民族纠纷，严格执行党的民族统战政策，稳定了新疆政治形势。在解决民族纠纷的过程中，习仲勋非常重视调查研究，他的许多意见后来被政务院通过的有关法规政策所吸取，比如《关于保障一切散杂居的少数民族成分享有民族平等权利的决定》和《关于地方民族民主联合政府实施办法的决定》。习仲勋更进一步推动立法，为保障各民族平等权利、巩固民族团结等作出了自己的贡献。
曾任全国政治协商会议主席的李瑞环曾说过：“李维汉和习仲勋同志关于民族统战工作方面的讲话和著作，是我们当今民族统战工作的法宝。”实事求是地肯定了习仲勋对民族统战工作做出的贡献。
三次批示，解决非党知识分子问题
在“文革”中，统一战线备受冲击，几陷瘫痪。由于极“左”政策的陷害，包括非党知识分子在内的广大知识分子被视为异己和牛鬼蛇神，被戴上资产阶级反动学术权威等各种各样的“帽子”。这些做法在肉体上精神上，严重伤害了广大非党知识分子，挫伤了他们为社会主义建设服务、与共产党真诚合作的信心。十一届三中全会以后，邓小平代表中共中央宣布知识分子已成为工人阶级的一部分。广大知识分子奔走相告，欢欣鼓舞，纷纷表示要为社会主义现代化建设贡献自己的力量。进入新时期以来，在拨乱反正，平反冤假错案，落实政策中，非党知识分子统战工作也逐渐恢复，呈现出喜人的局面。
随着阶级关系的根本变化和社会经济的发展进步，非党知识分子问题逐渐成为新时期爱国统一战线的一个关键问题。知识分子是我们进行社会主义现代化建设的重要力量。非党知识分子在历史上是一支有着优良传统的知识分子队伍，无论在争取民主还是在建设社会主义上，都作出过卓越的贡献。改革开放以来，随着科学技术的飞速发展，科技革命日新月异，知识分子在社会主义现代化建设过程中变得越来越重要，而知识分子中非党知识分子又占了多数。另一方面，非党知识分子影响力大，社会联系广泛，是新时期统战工作的重要对象。但“文革”刚刚结束不久，思想领域“左”的影响仍然没有完全被清除，许多人心里还存在一种误解，认为知识分子既然已经成为工人阶级的一部分，是依靠力量，那非党知识分子自然也就不再是统战对象了。这种认识误区如果任由发展，势必造成统一战线的大收缩，并有可能对非党知识分子造成新的伤害。1982年，北京某大报更在一版显著位置发表短评，明确提出知识分子不再是统战对象。而这与胡耀邦在第十五次全国统战工作会议上的讲话直接相冲突。在这次全国统战工作会议上，非党知识分子被明确列为第三类统战对象。党把党外知识分子作为统战对象，是为了加强与党外知识分子的政治联盟，巩固和发展新时期的爱国统一战线，更好地调动党外知识分子的积极性，更充分地发挥他们在现代化建设中的重要作用。
北京某报纸的短评一出，在社会上引起极大的思想混乱，在非党知识分子中影响尤其不好。许多人打电话或致信中共中央统战部，询问中央执行的统战政策有否有变。中央统战部给主管统战工作的中央政治局委员、书记处书记习仲勋打报告，坚持认为非党知识分子仍是我党统战工作对象，并进行相关的说明。习仲勋当即批示，肯定统战部的正确意见，并责成该报改正和澄清。但该报拒不改正，并提出知识分子已经成为工人阶级的一部分，是统一战线的依靠力量，工人阶级内部不可能有统一战线，而且还狡辩说马列主义著作和我们党的文件中从来没有讲过工人阶级内部有统一战线。这样争论进一步升级。
为了统一思想认识，1983年中央统战部召开十省市统战理论座谈会，1985年又召开了全国统战理论工作会，对我党的统战政策进行解释和澄清。随后中央统战部在给中共中央的报告中指出：“统一战线的基本问题是工人阶级自身团结统一和同盟军问题。”习仲勋先后两次批发报告，同意此观点。这样就在原则上解决了关于工人阶级内部统一战线的争论问题。
习仲勋的三次批示，解决了新时期统一战线的一个关键问题，即非党知识分子的统一战线和工人阶级内部统一战线问题。这三个批示及时地澄清了误解，消除了思想混乱，从而避免了统一战线的收缩甚至倒退，对新时期爱国统一战线的巩固、扩大和统战理论的发展有极其重大的意义。
习仲勋不仅从理论的高度重视非党知识分子统一战线问题。在实践中，他也身体力行，广交党外朋友，坦诚相待，不少党外知名人士，如张治中、傅作义、张奚若、邓宝珊等，都是习仲勋非常要好的朋友。习仲勋尊重党外知识分子的人格，关心他们的生活，与他们开诚布公，肝胆相照，荣辱与共，成为挚友。原民革中央主席、著名政治活动家屈武先生，是习仲勋的陕西老乡，又是老朋友。有一次屈武见到习仲勋劈头一句：“贵府真是侯门深似海啊！”面有不快，语带讥讽。习仲勋一时摸不着头脑，反复追问，才弄清原来新来的门卫战士因为不认识屈武而慢待了他，习仲勋当即向屈武赔礼道歉，两人一笑了之。余心清是冯玉祥将军从前的老部下，是非常有名的党外人士，参与过开国大典的礼仪安排，解放后曾任中央人民政府办公厅副主任、政务院民族事务委员会副主席、全国人大常委会副秘书长、民革中央常委等。建国初期，任中央人民政府典礼局局长的余心清曾和习仲勋共事多年。“文革”开始以后，余心清被造反派当成“牛鬼蛇神”无情揪斗，不仅身心受到摧残，人格也受到莫大的侮辱。1966年余心清终于不堪忍受而愤然在自家的后院上吊自杀。习仲勋对余心清的自杀非常惋惜，他曾经对其秘书张志功（后曾任中共中央统战部办公厅主任）说：“余老是一位跟着党走的高级知识分子，刚直不阿，为人正派。‘士可杀不可辱’，他哪能受得了那种侮辱呢？我那时要是在北京，开导开导他，兴许就不会走这条路了。”其实早在1962年9月的八届十中全会上，习仲勋本人也因为所谓“《刘志丹》小说问题”遭诬陷，受到残酷迫害，被关押审查。习仲勋对余心清命运的关切，已超脱出简单的朋友之情，更体现出对整个党外知识分子群体的关怀。
此外，关心侨务，落实政策创办经济特区，是习仲勋成功运用统一战线推进改革开放，探索中国特色社会主久发展道路的又一成功范例。
1978年4月6日，刚被“解放”、恢复党的组织生活仅仅一个月的习仲勋，便接受中央任命，南下主持广东省委工作。根据广东独特的人文地缘优势，建议中央给广东特殊政策，得到邓小平的支持，同意在广东搞特区。习仲勋充分利用港澳同胞、海外侨胞，引进资金、技术和设备，向海外华侨和港澳台同胞传输祖国和平统一的思想。在改革开放初，采取各种措施解决了广东偷渡外逃现象。
关心侨务工作，对海外统战工作取得非常明显的效果，既稳定了广东的形势，又促进了广东的进一步发展，更加强了与祖国大陆的联系，增强了海外华侨对祖国的感情。对海外统战工作的重视，这对广东乃至国家的改革开放和社会主义现代化建设起到了极大的促进作用，习仲勋以自己的方式对一国两制、和平统一做出了自己具有开创性的贡献。